这场屠杀只持续了半个时辰，缺乏攻城经验和武器装备的平民便仓皇逃窜，亚美尼亚士兵原本想出城追击，但被博西蒙德聪明地拦截下来。因为已方士兵数量实在太少，一旦出城很可能被平民全方位包围，并且得不到及时的支援，因此还不如继续守在这里等待援军。
这场时间不长的守城战中，凭借优秀的军事指挥以及有组织的防御体系，使得总督府无一人阵亡，只有五人“挂彩”，而被杀死的平民保守估计在100人以上。
这就是正规军与平民之间的差距，正如古希腊人所说：“一堆材料不能叫作建筑，而一群暴徒不能叫作军队。”尽管总督府守军远远少于暴民，但他们接受过最基本的训练，并且守军当中不乏还有精锐，如诺曼人和亚美尼亚人。这些人精通剑术、骑术或射术，他们有的来无影去无踪，也有的英勇无畏，无比凶猛，他们来自沙漠，来自平原，来自山区，也来自海洋，他们有的还是从死人堆里爬出来的亡命徒；而暴民有是什么？他们只是一群只会抗议和烧杀抢掠的穷困平民，等待被宰杀的羔羊罢了。
暴民们见总督府是一块难啃的骨头，转而前去其它目标，那些被大火烧毁的租界区和码头已经没有了屠戮价值，因为这里的财富已经被洗劫一空，居住在这里的人要么被杀死，要么沦为了阶下囚。愤怒的暴民成群结伙地赶往乡下，那还有很多地主没被完全劫掠干净，也许地窖里还剩下一两堆麦子，或者是一箱海佩伦呢？谁也说不清。
毫无疑问，整个罗德岛都已经成为了人间地狱，而被屠戮者多为外国人。听闻总督府还幸存的消息，残存的拉丁难民纷纷涌入这里，他们堆积在城外，请求居住在里面的大人能救救他们这些无辜者。
“上帝保佑！开开门吧！救救你们的基督同胞。”
“我是法兰西贵族！让我进去，你们要多少钱我都给。”
“……”
城上，士兵们极力维持着秩序，“肃静！肃静！闭上你们的臭嘴。”
士兵们艰难地维持秩序的同时，总督府内一场激烈的讨论进行着这些难民的去向。
“尼基弗鲁斯大人。”伊斯迈尔站起身来，他拿出了一份报告，报告上正详细记录着地窖内所剩的存粮，他非常担忧，不希望这些难民入城：“城外的拉丁难民保守估计有四五百人，如果我们让他们进城，不仅要专门分出一些士兵来保护他们的生命安全，还会极大消耗我们的粮食储备，此外，这些难民并不可靠……”
坐在他对面的博西蒙德听闻后也点了点头表示赞同：“我会武力驱赶这些难民到别的地方去，这里可不是难民窟！”
尼基弗鲁斯也叹了口气，前世接受的思想使他不忍人们受苦受难，倘若放在以前，他会毫不犹豫地救下这类难民；但现在是中世纪，伊斯迈尔的解释已经很明确了，总督府一方面容不下这些难民，二方面还要在他们身上花费物资与人力，三方面还会引起暴民更深的仇恨，到时候这里又会变得鸡犬不宁。
“那你们怎么看呢？”尼基弗鲁斯将目光投向其他几个军官，又问了几个一直在这里工作的希腊仆人，他们的回答异口同声，都不想接纳这些难民，让他们在外面自生自灭。
“大人。”博西蒙德也清楚他的不忍，于是转念一想，给出了比较仁慈的办法：“从这些难民当中挑选身份地位较高之人，或某位高等官员的家属，这些人在缴纳一部分实物后可以进城得到庇护，而剩下的难民就让他们自生自灭吧。”
“我赞同。”伊斯迈尔赞同了这个方法。这样即保护了那些应该保护的人，又不会过度增加总督府的物资压力和人力压力，可谓是两全其美的好办法。
“我也赞同。”
“……”
见众人都赞同这个办法，尼基弗鲁斯稍加思索后最终也同意了，他吩咐博西蒙德亲自去处理这件事，后者也赶紧去办事了。
花费了大半天时间，博西蒙德也完成了这份任务，他从这百来个难民当中挑选出了约三十人，这三十个幸运儿可算进入了目前岛上最安全的地方，他们身份不凡，正如博西蒙德所说，这些人要么是高等官员的家属，要么就是拉丁贵族或德高望重的教士。他们进城缴纳了一笔巨款，从一百杜卡特到500海佩伦不等，没有钱的人用实物代替，如钻石项链或珍贵圣象。更更有的被迫签字画押，被迫答应了一些利息极高的贷款，顾不得今后能不能还上，当前能保命就不错了。
这些钱财最后都流入了尼基弗鲁斯的钱包里，可谓是无意间发了一波财。
而那些剩余的可怜的难民则被博西蒙德强行赶走，赖着不走的便被士兵们用武力威胁，企图强行进城之人通常被当场处死。但不管怎么说，总督府外也清净了不少。
第二天与第三天暴民们都尝试过几次小规模攻城，但都被守军轻松击退，而得到可靠消息，安德洛尼卡带着来自安塔利亚的军队即将抵达罗德岛，他还带来了足够的船只和物资。除此之外，从君士坦丁堡赶来的君士坦丁·杜卡斯所率领的援军已经抵达爱琴海，预计再有两天便抵达罗德岛，这支援军将配合君士坦丁，一同彻底铲除岛上的叛乱，同时将尼基弗鲁斯·科穆宁安全护送回首都。
第四天，安德洛尼卡·科穆宁·布里尼乌斯抵达罗德岛，短短半个小时这一千名训练有素的正规军士兵便杀死或俘虏了占据港口的暴民，然后在这位指挥官的指挥下，船只顺利停泊在码头边，大量物资从船上被运下来。
代表罗马帝国的双鹰旗被重新安置在了港口最高处，之后安德洛尼卡带领大部分士兵继续向城内进军，因为大部分暴民都远在乡下，因此士兵们推进速度很快，一些避难活下来的幸运儿被拯救，被烧毁的房屋和满地的尸体令这些士兵也感到头皮发麻。
一名士兵在日记中这样写道：“我已经数不清地上有多少具尸体了，它们有的是拉丁人，也有的是罗马（希腊）人，我只能从被烧毁的房屋和残存的有价值的物品上看出这里曾经的繁荣。”
不久，士兵们抵达总督府。