等战场都清理得差不多的时候，商毅又接了另一个消息，在战场逃走的三艘西班牙战舰，还有后面西班牙军的六艘运需船，在返航的路，遭到了迂回到西班牙军后方的商家军海军第二分舰队的攻击，被击沉四艘，俘虏二艘，最终只有三艘船逃走。也为这一场海战，划了一个完整的句号。
而这三艘逃走的船在台湾东南沿海时，又遭到荷兰船队的拦截，最后只剩下一艘船逃回到马尼拉，向菲律宾总督科奎拉报告。
这时太阳终于完全消失在西方的天际，黑夜降临在大海。商毅也下令，全体战船返航，回到基隆港去休息。
这一战商家军一共出动了七十一艘战船，在主要战场投入四十七艘，其中主力战舰二十五艘，共计士兵三千二百多人。西班牙军出动了二十四艘战船，在主要战场投入十八艘，士兵一千五百余人。
结果是商家军取得了全面胜利，击沉击毁对手十四艘战船，俘虏七艘，其中包括西班牙军的旗舰圣路易号，打死西班牙士兵一千二百余人，活捉六百余人。并且缴获各类火炮三百余门，火枪一千余枝，其中有三百多枝是燧发枪，战马三十四匹，其他粮食物资若干。
而商家军自身，被西班牙军击沉战船八艘，包括六艘辅助战舰和一艘巡洋舰、一艘护卫舰。其中第一分舰队的损失最大，有五艘辅助战舰和一艘护卫舰。另外还有九艘战船受伤，又是第一分舰队占了其中的七艘。同时还战死士兵水手三百七十二人，另有三百一十五人受伤。
因此经过了一夜的休息之后，第二天商家军也在基隆举行了盛大的庆典，以庆贺商家军的海军第一次出战，就取得了重大的胜绩。由其是第一分舰队，虽然损失很大，但却是担负着最艰难的任务，而旦成功的打乱了西班牙军的阵形，为后面取得胜利，打下了一个良好的基础，因此商毅也重点表彰第一分舰队的全体官兵。
虽然从结果来看，商家军确实取得胜利，而且还考虑到这是商家军海军成军以来的第一战，也就更是难能可贵了。不过商毅也没有为这一场胜利就忘乎得己，认为商家军的海军从此就纵横海，所行无敌了，因为从双方的实力对比看，商家军在各方面几乎都占据了压倒性的优势，因此取得这样的胜利并不算什么，甚致可以说，西班牙军是虽败犹荣。而且从战斗的过程来看，商家军也出现了许多失误的地方，需要改进总结提高的地方，还有许多。
其中又有两个问题最为突出，一个就是海军依然整体缺乏实战经验，一但遇到不利的环境，或是战前没有布置到的情况，旗舰又无发下达明确命令，需要官兵们用自己的判断来决定下一步的行动时候，就会自乱阵脚。同时在海军內部，士兵的素质差别也比较大，相比之下，主力战舰的士兵水手的素质，明显要强于辅助战船。另外就是士兵对［海军条例］的执行，也不彻底，在忙乱的时候，往往就会忘了［海军条例］的要求。
这确实是一个在短时间内难以解决的问题，毕竟作战经验不是一天两天就能完成的，只能通过平时的严格训练来尽力弥补。
而另一个则是战船的问题，这一次战斗也再次证明，老式的福船，和西式的风帆战船根本就不是一个等级的较量，并不适合作为战舰，那怕是当辅助战舰来用，也颇有些力不从心。相比之下，改良之后的福船，表现就明显要好得多，因此以后新造的福船，也将全以改良之后的船型为模式。同时舰队的规模暂时不要扩大，等逐渐用新船取代了老船之后再说。
但解决这个问题同样也需要时间，在新船尚未造出之前，也只能先用老船撑一阵子，不过在以后的战斗中，也要注意各种战船的搭配，尽可能不要让老式的福船但负过多的战斗任务。
随后，商家军就在基隆港暂时休整，治疗受伤的士兵，修理战船。同时商毅也写了一封措词十分严厉的信，附这两次战斗中俘虏的西班牙军主要军官的姓名，送往马尼拉，交给西班牙的菲律宾总督科奎拉。送信的人选商毅都己经选好了，就是一次西班牙远征舰队的翻译，袁朴和吴雁鸣两人。
在西班牙远征舰队全军覆灭之后，袁朴和吴雁鸣在张庚秋的劝说之下，也愿意投靠商毅，但为了尽力隐瞒远征舰队覆灭的消息，商毅一直将两人留在浙江，并没有放他们回去。两人在马尼拉的生意，也由张庚秋帮忙照看，现在没有隐瞒的必要了，同时也是袁朴和吴雁鸣发挥作用的时候了，当然商毅还派了一名传教士随两人一起出发，前往马尼拉送信。
两天以后，一艘来自福建泉州的福船来到了基隆港，船的使者向商毅带来了一封信，是甴福建总兵，安南伯郑芝龙发出的，信中的措辞到也十分客气，先夸赞了商毅一番，表示郑芝龙对商毅十分敬佩，同时也说明，郑芝龙是打算进京去朝贺天子登基，正要路过浙江，希望能够与商毅会面。
接到这封信之后，商毅也点了点头，自己终于引起了郑芝龙的注意。不过这也早就在商毅的预料之中，商家军想要向海外扩展，早晚都会和郑芝龙打交道，其实从商家军的海军成军的那一天，商毅一直就把郑芝龙视为自己在海潜在的最大对手。虽然这个时代还有西班牙、葡萄牙和荷兰等海强国存在，但这些国家都离中国太远，后勤支援起来十分困难，缺乏持久力，而且他们都需要和中国的贸易，因此也都不会希望与中国的某一势力长期树敌。
不过现在的情况不同，商家军的海军己经初步成型，而且在龟山岛一战中，也得到了实战的检验，虽然还存在着许多不足之处，但实力也绝不容小视，因此就是和郑芝龙正面相抗也不怕，更何况商家军还有一支强大的陆军存在。这正好是郑芝龙的弱点。而且郑芝龙的势力主要在广东和福建，正好是和浙江相邻，如果在海真的打不过他，那么就从陆打过去，让郑芝龙在陆地无法立足。
当然这只是做的最坏打算，商毅并不想和郑芝龙为敌，能够以和平的方式解决两人的矛盾或是争端，当然是最好也不过了。毕竟在这个时候与郑芝龙恶交，只会是个两败俱伤的结果，另一方面，不管怎么说，郑芝龙还是生了个好儿子郑成功，商毅也不希望与这位另一时空里的这位民族英雄为敌，因此那怕是能够让出一部份利益，能够换来与郑芝龙达成共同拥有海外贸易的某些协议，也是值得的。
不过这些都是商毅的想法，能否如愿，还要看郑芝龙的态度，如果郑芝龙不肯让商毅在海外贸易分一杯羹，那么商毅同样也不惜与郑芝龙一战，和谈也是要以自身实力为基础的。
其实郑芝龙派来的这个使者也不是一般人，是他的二弟郑之豹。郑芝龙一共有二个亲兄弟，依次为芝虎、芝豹。一个异母弟郑芝彪这时己改名郑鸿逵、不过这时郑芝虎已死于与刘香的战争之中，现在只有郑鸿逵和郑芝豹两人，都是郑芝龙的得力助手。郑芝龙派遣郑芝豹来见商毅送信，也足见他对商毅崛起的重视。
而商毅得知郑芝龙使者的真实身份之后，也立刻下令，以最高的标准接待郑之豹见。并且设下了盛大的酒宴，招待郑芝豹。亚莉桑德拉也以商毅妻子的身份出席。
郑之豹的年纪也不大，看起来还不到三十岁，但显然是见惯了场合的人，对这种场合的是应付自如。对商毅态度到也十分恭敬，说了许多敬慕商毅的话，由其是盛赞商毅从北京迎回崇祯遗诏的壮举。商毅当然也是礼尚往来，也大加赞扬郑芝龙。于是在互相吹捧了一番之后，郑芝豹也有意把话题引到去年的西班牙远征舰队来。
商毅当然也不隐瞒，把自己是如何击败西班牙远征舰队的经过也细说了一遍，并且也直言说明亚莉桑德拉就是西班牙远征舰队的副司令官，当然隐瞒了她家族的事情，只说是在远征舰队失败之后，不敢返回马尼拉，因此才向自已投降。
郑芝豹听了之后，虽然不动声色，但心里却起了轩然大波，这次他来基隆，同时也有观察打探商毅虚实的任务，毕竟郑芝龙对商毅的了解，实在太少了。而且郑芝豹和这个时代一般的中国人不同，对海外的世界有相当的了解，他也听说过在菲律宾的干系腊人里，确实有一个女军官。因此对商毅的说也是半信半疑。
随后商毅又告诉郑芝豹，这一次自己又在龟山岛海战中大败西班牙舰队的事情，郑芝豹虽然竭力保持郑定，但目光之中，也掩饰不住惊讶的神色。
郑芝豹的这些变化都被商毅看在眼里，心里也十分满意，这些事情本来就希望通过郑芝豹传到郑芝龙的耳朵里去的。并且和郑芝豹谈好，商毅将在浙江省杭州府恭候郑芝龙的大驾光临。随后商毅留郑芝豹在基隆住了两天，送给他许多礼物，才让郑芝豹转回泉州，向郑芝龙复命。