得到了多尔衮的答复之后，洪承畴立刻道：“南方的局势，其实关建在于南京。虽然商毅精通兵法，商家军骁勇善战，但以浙江一省之地，始终无法与全国相抗，而南京之地，正好可以遏制浙江向外发展扩大，只要南京一日在我大清的掌握之中，商毅的势力就难以得到扩展，因此商毅也必然会想方设法，复夺南京。依臣估计，就在今年以内，商毅必然会向南京发动进攻，以求复夺南京，向外扩张。”
多尔衮听了，也颇有茅塞顿开之感，虽然他也知道南京的位置很重要，但更多的是从政治影响力面去考虑，因为南京是明朝的两都之一，又是南明弘光朝廷的都城，政治影响十分巨大。而洪承畴却是从战略战术方面去考虑，也让多尔衮清楚，南京是遏制商毅扩张的关建，因此多尔衮又问道：“老洪，你怎么就能够断定，商毅会在年内进攻南京呢？”
洪承畴道：“因为商毅向湖北进军了。”
多尔衮顿时也来了兴趣，商家军进军黄州，挺进大别山区的消息，多尔衮当然知道，老实说，他确实有些不明白，商毅这一招有什么作用，虽然湖北地区确实是清军的薄弱环节，但也不和商毅现有的地盘相连，派出去的是一支孤军，后勤供应得不到保障。而且按照用兵的常识来说，都是应该尽量集中兵力，而商毅却偏偏是在分散自己的兵力，这不是非常奇怪吗？
不过听洪承畴这么一说，多尔衮好像有些明白了，又问道：“商毅向湖北进军，和攻取南京有什么关系呢？”
洪承畴打开地图，在杭州、扬州、黄州这三个位置用手指一划，多尔衮这才看清这三个点形成的一个三角形的中间位置，正是南京。杭州、扬州分别在南京的东南和东北方，而黄州正好位于南京的正西方，加商家军这时己经攻占了南京对岸的和州、滁州，己经完成对南京的包围之势。
多尔衮也是精通兵法的人，只是过去一直局限在东北一隅，大局观不强，但被洪承畴这么一提示，立刻就明白过去，原来商毅进军湖北的举动，确实是在为复夺南京而开始布局了，原来进军湖北，可以切断南京的西面的援军，完成对南京的包围，因此也禁不住吸了一口凉气，这一招确实是太高明了。
而洪承畴这时又道：“因此我们在南方，先不要急于向浙江进攻，而是要趁着商家军在湖北立足尚未稳定，将商家军彻底从湖北肃清，这样一来，南京才能够稳入泰山。而我大清一面稳守南京，一面趁机进军福建、广东，对浙江形成南北夹击之势，那么商毅就只能困守浙江，难以施展。而我大清则可以进取南方其他各省之地，北方屯田聚民，发展生产，训练士卒，并多靠火器战船等军器之物，等二三年之后，兵精粮足，军器齐备，就可以一举攻克浙江，为大清统一天下。”
多尔衮也听得频频点头，其实这一套计划和洪承畴在南征之前提出的方案差不多，就是先发展自己，然后以全国的人力物力优势去和商毅拼消耗，硬生生的把商毅给耗死。而且现在实施这一方案的条件，比南征前更好的是，南京己经被清军攻占，可以牢牢的挡住浙江的发展方向。
不过多尔衮对南方的地理情况也是下过一番研究的，立刻就知道，下一步攻占广东、褔建，则是继肃清湖北的另一个关建，因为向南发展，是商毅唯一的可行之路了，但广东、褔建好不好打，可是关糸到全局的成败。因此多尔衮又问道：“老洪，褔建与浙江相连，而且己经有一个唐王朱聿键在福建称帝，万一他们和商毅连成一气，我们想要夺取福建、广东之地，恐怕也不那么容易。”
洪承畴笑道：“这一点摄政王尽可以放心，朱聿键仍是太祖皇帝二十三子定王朱柽之后，本是明室远支，难以服众，能在福建称帝仍然依靠郑芝龙之力，恐难有大做为。”
多尔衮点了点头，道：“我到是听说过郑芝龙这个人，听说此人在褔建、广东一带颇有势力，与商毅相似，是真的吗。”
洪承畴道：“回禀摄政王，郑芝龙仍是海盗出身，于崇祯元年162年受明室招安，坐镇闽海，戎守海防，多于其他海盗，海外夷人交战，通贩洋货，内客外商，称雄于海，凡海舶不得郑氏令旗者，不能往来。岁入千万计，以此富可敌国。然后以海利交通朝贵，寖以大显。”
多尔衮听了，心中忽然一动，立刻想到了另一个问题。自从清廷入关之后，一直战事不断，北方的社会生产被破坏得十分严重，而南方的漕运也被截断，因此清廷的财政收入非常困难，能够连续发动南征，全靠着关外的底子，但现在也差不多全用光。库里没钱，也让多尔衮觉得非常头痛的另一个问题。
这次攻占南京，本想取南京府库的钱粮物资为己所用，缓解一下清廷的财政困难。但商家军在南京抵抗了一个月，府库的钱粮物资也搬走近半，再加现在南方依然未平，在南京获取的钱粮物资几乎全部都充为军用，送到北京来的寥寥无几。而江南最富的江浙之地，却在商毅手里，清廷是可望而不及。
现在多尔衮突然听洪承畴说郑芝龙通贩洋货，岁入千万，富可敌国也不禁大为动心，如果能够攻克福建、广东，夺取郑氏在福广之财，不仅南方的军费有了保障，而且还能支助一部份北京朝廷所用，同时也可以对浙江形成南北夹攻之势，实在是一举三得的妙招。
就在这时，多尔衮发现洪承畴的嘴角也带出了一丝笑意，顿时明白，洪承畴刚才有意提到了广东之财，其实早就有这个打算了。因此也笑道：“老洪啊，原来你早就在打福建、广东的主意了。不过听你这么一说，这个郑芝龙颇有实力，而且他既然奉立朱聿键，显然是要和我们为敌，到也不好对付啊!”
洪承畴微微一笑，道：“摄政王请放心，臣深知郑芝龙其人，并无忠义之心，拥立朱聿键，不过是借拥立之机，扩充自己的势力，并非心向故明。而且其所长者，在于水战，而短于陆战，因此不难图之。”
多尔衮道：“但如果郑芝龙和商毅联手，怎么办呢？”
洪承畴摇了摇头道：“郑芝龙虽是素有谋略，颇居枭雄之才，但目光短浅，难成大事。而且行事多类商人，重利轻义，唯利是图。因此我们不妨以利诱之，臣昔日在明朝之时，与郑芝龙有数面之识，或可见机行事。许以让其割据两广而自立，郑芝龙必然动心，等其戒备松懈之时，趁机图之。不仅可得广东福建之财，而且广东福建都有通商之利，市汨之财，年以千万计，可为朝廷聚财所用。另外郑芝龙部下有战船千条，精通海战，如能收为我大清所用，还可从海夹击浙江。”
多尔衮听得连连点头，自己刚才还想着攻占广东、福建是一举三得，那知到了洪承畴手里，一下变成了一石五鸟，果然比自己高明。看来大清能否统一天下，他可是举足重轻的。因此多尔衮来回走了几步，然后回头道：“老洪，我让你到南京去坐镇，再给你新增十万大军，以及新造的一批火器，而凡事可以便宜行事，给你五年的时间，为我大清攻取浙江，平定南方。还有什么其他的要求，你尽管可以提出来，你看怎么样。”
洪承畴听了，赶忙跪伏于地，道：“臣蒙摄政王如此重用，必当尽心竭力，为大清统一天下，扫清宇内。”
第二天，多尔衮立刻下旨，加封洪承畴为太保兼太子太师，内翰林弘文院大学士、兵部尚兼都察院左都御史，佐理机务，经略山东、河南、湖广、江西、安徽、江苏六省，总督军务兼理粮饷，敕赐可便宜行事，吏、兵二部不得掣肘，户部不得稽迟，事后报闻。多罗贝勒勒克德浑、贝勒尼堪、贝子尚善、贝子满达海，汉官祖泽洪、祖可法等人一同南下。
而对南方的人事安排，也进行了一番大的调整，英亲王阿济格被调回北京，讨伐蒙古苏尼特部腾机思、腾机特等人叛乱。而豫亲王多铎出任南京留守司，协助洪承畴，平定南方。
虽然这一次多尔衮授于洪承畴极大的权力，就连多铎也只能出任洪承畴的副手，但他却并不但心会洪承畴会像吴三桂、尚可喜、耿仲明三人一样，在南方拥兵自立，因为多尔衮十分清楚，洪承畴降清的时间并不长，和尚可喜、耿仲明相比，在清廷缺乏根基，而和吴三桂相比，他手里又没有一支忠于自已付嫡系部队，而且这次在南方还有多铎在侧，虽然是协助洪承畴，但也无不监视之意，因此也不用怕洪承畴会趁机建立自己的私人力量，对他可以完全放心任用。
十天之后，洪承畴正式任职，从北京出发，在临行前，多尔衮和大清名议的皇帝顺治亲自设宴饯行，并赐宝马、宝刀。以示对洪承畴的厚望。