就在鳌拜率军突袭聚宝山的时候，南京城的外围，激烈的攻防战还在紧张的进行着，一直到下午四时许，商家军还是没能攻破南京的城墙，而在商家军主攻七个城门一带，无论是城还是城下，都堆满了双方士兵的尸体，到处都留下了战斗之后的痕迹。!。
这时正在正阳门督战的多铎，却呆呆的看着眼前，颈项间的血迹尚未全干的人头。
虽然己经死了，但双目仍然怒瞠，须长皆张，确时还有几分活着时候的威猛气慨。这是鳌拜的人头，是刚刚商毅派一个俘虏送到南京城里来的。
虽然明知道鳌拜的这次出击成功的可能性不大，但多铎依然还是抱有一丝幻想，而且觉得鳌拜的这次袭击，至少也能使商家军的攻势缓一缓，但多铎完全没有想到，商家军的攻势丝毫也没有受到影响，从送鳌拜人头的那名清兵口里得知，商毅根本就没有调进城的人马回防，只凭着聚宝山留守的人马，就几乎将清军打得全军覆没了。同时多铎最后的希望，也完全破灭了。
而对于其他的清兵来说，在这个时刻，满州第一勇士的人头被送对手送回到南京城来，也不並于又是一个沉重的打击。
就在这时，一个士兵勿勿来到多铎的面前，道：“豫亲王，石城门己经失守了。”
多铎的身子一震，这才把目光从鳌拜的人头转移过来，道：“什么？”
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下午三时左右，商毅指挥留守聚宝山的士兵，歼灭了清军偷袭人马的消息，也通告到其他各军，而各支部队得知这一消息之后，都不由军心大振，进攻也更为猛烈起来。毕竟自己的总指挥受到了清军的袭击,任谁心里都不会好受。因此都攒足了一口气，决心在今天一定要攻进南京城里去。
到了下午四时，第二军第七师的十八团率先攻开了石城门。成为商家军中第一个突破南京城墙，杀入南京城中的团级编制。
其实在昨天的攻城战斗出，第二军就己经釆用爆破方式，炸开了石城门的城门板，但清军对此也早有对策，立刻用土袋，刀车等等物品，将城门洞给堵死，又派遣了二百名火铳兵，死死守住了城门洞，商家军连续发动了六次进攻，都沒能攻破清军设在门洞的防线，反而战死了近五百多的士兵，整个城门洞里，几乎都被商家军士兵的尸体给填满了。
晚双方罢战之后，而罗远斌回去总结战斗，认为还是要从城门处打开缺口。但清军已连夜赶工，连修了三道木栅墙，将门洞又给封了起来，因此在第四天的战斗中，商家军必须对城门洞进行重新爆破。
好在是毕竟是赶工修起来的东西，坚固程度当然远远不及原来的城门，尽管清军连修了三道木栅墙，但商家军也连续进行了三次爆破，硬是又一次把城门给炸开了。但清军早就在城门后面布置好了阵地防守，因此商家军连续进攻二次，仍然无法突破。
见清军的防守顽强，而重型火炮这时也运不来，无法轰开守住城门洞里的清兵，于是罗远斌也下令，使用三六型霹雳火箭发射箱，就在城门洞不到二十步的地方，对准城门洞里发射。
商家军连续发射了两个三六型霹雳火箭发射箱，将七十二支霹雳火箭全部都发射到城门洞里，随着霹雳火箭爆炸之后，火油在城门洞里四处乱溅，并且立刻熊熊燃烧起来，而守卫城门洞的清军被炸死一些，另外还有不少人身都被点着了，被烧得“敖敖”乱叫，遍地打滚。而其他士兵那里还敢在城门洞口堵着，立刻四散逃开。
尽管石城门的城门洞的防线被打开，但这时城门洞里还燃烧着大火，因此商家军还是无法从城门中突破，而如果再稍迟一会，清军也就又要在城门洞重新布置好防线了。
而就在这时，担任突击队的十八团的士兵们忍着十一月的寒冷气候，跳到护城河将全身浸湿，然后一头冲进了大火中，硬是从火海中突破了石城门，杀进了南京城中。而这时淸军正准备重新组织防线，见商家军的士兵一个一个从火焰中冲了出来，都有些措手不及，因此一下子被商家军刺杀了十几个人，等其他人反应过来的时候，己有近百名商家军的战士冲过了石城门，双方立到在城中展开了激战。
趁着这个空档，后续的士兵也立刻将棉被浸湿，然后铺在城门洞的地面，居然从大火中铺出了一条路来，随后陆续冲进了南京城中。
这一下冲进城里的商家军战士陡然增多了起来，而且开始用火枪射击，用手榴弹乱炸，而清军顿时就抵挡不住，只能向南京城里退去。而率先攻入南京的十八团在后来也被商毅正式授予“南京团”的称号。
见终于突破了南京城的城墙，罗远斌也不禁大喜，一面指挥士兵，在石城门附近立刻组织阵地防守，把好不容易才夺下来的城门守住，一面又派出十三旅，从南京城里，去增援三山门的进攻。
这时商家军和清军在三山门也争夺得同样激烈，商家军己有两个突击连攻了三山门的城墙，正和清军拼命厮杀着，一时打了个势均力敌，但就在这时，十三旅从淸军的背后杀了来，清军腹背受乱，顿时也支持不住了，只能向城里败退。
就在第二军攻开了石城门、三山门仅仅半个多小时之后，进攻南京北面的神策门和太平门的第三军，也取得了突破成功。
因为昨晚祌策门也被商家军爆破，守卫神策门的清军做得更绝，不仅在城门洞里也修好了三道木栅，而且在每一个道木栅之间还填满了土袋，几乎完全把神策门给堵死。
而杨武丞对此，也同样釆用连续爆破的方式，商家军一共在神策门的门洞里实施了五次爆破，硬是将什么木栅、土袋给一点一点的炸开，由其是最后一次爆破，商家军一共填进了二千五百多斤炸药，将这一战带来所有爆破炸药全都用了。
结果在惊天动地的一声巨响之后，别说是城门洞，就连城楼都给炸塌了一大半，一百多名清军连同数十块大石头都被震得飞了天，而在城楼附近的二三百多名清兵都被震得口鼻耳孔出血，有一多半的人连内脏都被震碎了。包括十几名以为退到了安全距离的商家军士兵都没有幸免。
第三军的军长杨武丞虽然在数百步以外看着，但也觉得山摇地动，险些都沒有站稳。虽然说商家军在进攻广徳州时，也用过爆破攻城战术，但那一次是釆用坑道爆破，动静也远没比现在大，因此杨武丞也看直吐舌头，早知是这个效果，昨天就该多用一些炸药，说不定现在都已经战领南京城了。但他到底是见过大场面的人，立刻就反应了过来，赶忙下令，立刻的神策门发动进攻。
虽神策门被炸塴之后，还是留下了一堆数丈高的碎石破砖山丘，但己经不像是城墙那么不可逾越了，商家军的士兵们立刻举着刺刀，从碎石破砖山丘冲进了南京城。其实这时在神策门还有数千名淸军守卫，商家军想完全夺取神策门，还要费一番功夫。
但刚才那一声爆炸的威势力实在是太过惊人，把在场有不少清兵都吓得目瞪口呆，脑袋里是一片空白，一时间把什么都忘记了，让商家军十分轻易的就爬过了碎石破砖，杀入南京城中，有不少清兵等商家军冲到了自已身边，才反应过来。结果不是被杀就是当了俘虏。而有一些反应快的，但也丧失了抵抗的意志，向城里逃去。
紧接着杨武丞又攻破了太平门，到了这时，南京城己有四座城门被商家军攻破，南京城墙被视为是南京城最坚固的一道防线，实际也只坚持了两天的时间。
而能够在这么短的时间，就攻破坚固的南京城墙，很大程度也是因为商家军釆用了炸药爆破战术，成功的将城门炸开。如果是在正常的情况下进行城墙攻防战，商家军至少还需要再花费几倍的时间，损失更多的兵力，才能够攻开南京的城墙。因此也在一次证明，进入火器时代之后，大部份的传统战术观念，都己经过时了。
尽管这时清军还守着聚宝门、通济门、正阳门三门，但多铎也明白，南京城墙防线，实际己经全线崩溃了。因此多铎也立刻下令，放弃聚宝门、通济门、正阳门三门，神烈山防线，全部清军都退进南京城里防守，和商家军进行巷战。不过多铎心里也十分清楚，战事进行到了这一步，这一次守卫南京城的战斗，己经无限的接近了全面的失败。自已也离死亡越来赳近，现在做的其实不过是垂死挣扎而已。