转变策略的真理军其实作战方略无非就是当年伟人那一套“敌进我退、敌驻我扰、敌疲我打、敌退我追”。而且凭借着日本稠密的城市圈，真理军有着良好的活动空间和回旋余地，他们固然比较缺少武器，但是能够形成的威胁还是十分巨大的。特别在攻占了练马等一些基地后，真理军转移出来了大量军械给各地的真理军组织，他们频繁地攻击政府设施，而自卫队一出现的时候，他们立马闪人，绝对不与自卫队交战。
这其实也暗合了真理军的心理，他们要么是一群刚拿起枪的乌合之众，要么也只在远东共和国草草训练了几个月，跟正规军的自卫队正面作战，肯定是心虚。而遵循青木元为其制定的城市游击战方略，他们只需要欺负普通平民或者警察，骚扰公务机关并搞破坏，而真正自卫队前来的时候，他们则直接撒丫子走人，好不快活。
在转变方略之后，青木元指挥了真理教武装分子于东京都市圈，与进城的自卫队大约一个师团的力量进行了周旋。在作战之前，青木元特地破坏了东京的民用通信设施，这并不能对自卫队形成影响，但是却限制了东京居民为自卫队和政府通风报信的能力，同时也增强了城市的恐慌。
当人们大不了电话，甚至一些电网也被迫中断，街上传来零零散散的枪声时，很多东京市民也顾不得埃博拉病毒的危险了，带着家人和一些细软，从家中逃出来，想要从战区中撤离。公路上开始排起了车流长队，也使得自卫队的战车难以在东京顺利运转，特别是90式主战坦克这样笨重的家伙，根本无法在城市战中得到施展。
没有办法，自卫队员们只有放弃重型装备，徒步进入东京市区，开始对真理军进行围剿和搜捕。可是这注定是自卫队的噩梦，虽然真理军不会打大仗，正面作战也基本无能，但是搞这样有心算无心的偷袭，却是并不困难。
特别是真理军士兵手中的武器，很多都是中国和前苏联出产的自卫队神器，几个家伙背着一门迫击炮就出来了，看到游荡进城里的自卫队员，就支起小炮，朝着他们放一炮。60mm的迫炮炮弹威力不算太大，但是却让也没怎么经历过战争的自卫队员大为惊恐。往往真理军放过几下迫炮之后，就是轻重机枪在固定好的位置朝着自卫队员扫射。
自卫队员的战争经验甚至还不如一些真理教士兵，被这种打法打得神志不清，也损伤不小。或者有一些真理教士兵更加光棍，背着不用炮架的中国107火箭弹，直接用引信发射，一个人扛着两个炮弹也能跑，看到自卫队就开火。自卫队被这种在城市的每个角落都可能出现敌人的战斗十分不适应，东京巷战开始的10个小时内，自卫队前线指挥官不得不向统合幕僚监部申请，以破坏建筑物为方式，为自卫队员们开道。
可是这样的手段肯定不能实行，东京市是日本的精华所在，而且也是各大财团株式会社的利益所在，以日本这种盘根错节的政商关系，富豪们得知自家写字楼、旺铺要被自卫队拿炮弹炸掉，而且之后的赔偿还没有个定计，自然不能容许。而统合幕僚监部要做出以毁坏城市为方式的决定，也是压力重大，根本不可能实施下去。
在没办法有效在城市内部推进的时候，自卫队只能为了避免造成更大的损伤，暂时停止了在东京更激进的攻击手段，而是占据一些要点，开始准备步步为营，跟真理教在东京继续打下去。
这不能说是很笨的方法，只能说是比较稳健的策略，可是这样下去，东京必然成为了双方争夺的主战场，而旷日持久的争夺，必然造成巨大的损失，不仅仅是在经济上的。
除了在东京，日本其他一些地区的真理军活动也同样猖獗。他们跟在东京的方略差不多，虽然没有老辣的指挥官青木元的带领，但是打得也并不难看。聪明一点的基本上都能做到踩好点，当自卫队来临的时候，就立即撤退到避难之地。然后继续在自卫队无法顾及的一些地区活动，破坏政府，杀伤公务员，并裹挟信众等。
这种强度的内战，自卫队的规模根本不足以应付，日本就算再小，也有大小市县几千，在一个县混不下去了，以几十人为一个单位的真理军立即转向下一个县活动，继续搞他们的破坏。而真理军所过之地，即便不算是满目疮痍，但造成的影响和伤害也是不小的。
最让日本政府和自卫队头疼的就是，真理军是奥姆真理教的军事组织，而任何一个军事力量，必须依靠于一个什么基干，才能够发展下去。游击战当年在中国可以执行，也是因为有着群众基础。不断扩张的真理教，虽然因为与政府冲突而丧失了一部分信众，但也有相当数量的人因为病毒，或者单纯信仰的问题，对奥姆真理教深信不疑。
而真理军活动的地区，基本上都有奥姆真理教建立的地方教会的。在奥姆真理教公开反叛日本当局后，很多原本还留在外面的地方真理教教会都转入了地下。一些真理教教徒都各自散布在不同的地方，看上去与平民无异，但是当真理军和真理教需要他们的时候，他们便跳出来提供各种援助，包括提供物资，提供情报等。
这也使得自卫队对于真理军的清剿变得异常困难，就如同当年日军在中国清剿土八路一样，有民众支持、遮掩的游击队，很难消灭。更何况日本比之当年中国算得上是建筑鳞次栉比、楼宇林立，而日本自卫队根本没有那么多兵力可以一座座楼的排查过去。
当然，更麻烦的是，此时还是埃博拉病毒传染爆发的时期，不少日本民众对于来来回回穿进穿出，可能带来病毒的自卫队十分不欢迎，抱着不合作的态度，更拒绝让自卫队进入到他们家里检查。
自卫队硬着头皮强闯，就可能造成人身侵犯的问题，而很多真理军还很贼，他们都是日本本地人，把武器藏在什么地方，然后找提前安排的一些住所，假装就是普通平民，日本自卫队也根本分辨不出来，只能干瞪眼。
而且，在长达数月的对真理教的围剿活动中，真理教也是不断在壮大的。感染埃博拉病毒的人越来越多，而且战争带来的创伤更让人恐惧且寻求寄托。显然日本政府已经是个烂摊子了，不少人已经叫嚷着让细川护熙下台，为整个事件负责。但是按照战时特殊的处理办法，只要细川护熙强撑着，别人也拿他没有什么办法。
麻原彰晃派出的真理教传教士在日本各地私下里活动中，他们主要接触那些生活在病毒和战争恐惧中的人，然后秘密地将他们集中在私密的活动场所，进行一场集中式的洗脑，而这个过程中，大部分信众都会成为对真理教的狂信徒，并愿意为了信仰付出一切，真理教组织再遴选出一部分人放出去，秘密地为真理军的活动服务，而他们认为还不够忠诚和虔诚的信徒，则继续进行洗脑教育。
战事越来越糜烂，而日本仍旧对于埃博拉病毒束手无策，甚至在围剿真理军的过程中，一些自卫队员也感染了埃博拉病毒，并造成了大量的非战争伤亡。一些自卫队员十分恐慌，他们随时可能被阴险的真理军偷袭，而且还要防备着高致死的病毒，任何的一次接触都可能造成感染，从而丧失生命。
在跨过这个混乱的年关，进入1994年的时候，日本关西的一支自卫队发生了哗变，一群自卫官枪杀了上级，并且一哄而散，各自逃离了。反正现在因为埃博拉病毒和真理教的缘故，日本各地政府已经处于半瘫痪的状态之中了，就算是他们当了逃兵和罪犯，日本当局想要捉拿他们都不那么容易，而且还有真理教要先处理，他们也轮不上。
于是，越来越多的日本自卫队员开始当逃兵开小差，不再与真理军作战，而是偷偷地逃离，甚至一些人还是带着武器弹药离开的，这更造成了日本社会中武器更加流传，增加了不安定的因素。
看着日本越来越败坏，美国方面也丝毫没有帮忙的意思。驻日美军在煎熬了一段时日后，终于被克林顿宣布从日本暂时性全部撤离，从日本撤离的不仅仅还有驻日美军，还有不少的外国侨民，这些侨民被各国组织的联合撤侨船先是带到海上进行隔离，超过40天没有任何问题后，然后又撤到其他地方。
中国则把一些中国在日侨民先在海上隔离，然后又撤到台湾岛进行观察，最后确认没问题再把他们送回各自故乡。
日本就像是长得其丑无比，又一脸癞子的病人，全世界任何国家现在都唯恐避之不及，之前只有病毒的时候还有一些国家派出医疗救援队之类的组织帮忙，但与真理教的内战爆发后，很多国家为了避免本国人受伤害，就把能撤的人都撤走了。至于那些倒霉染上病毒的，就没有什么办法了。
而显然真理教的歪招还没有使完。
麻原彰晃认为现在虽然真理教和真理军生命力依旧顽强，但实现他谋朝篡位的野心，恐怕并不是一朝一夕可以完成，所以麻原彰晃命令他的部属们，增强埃博拉病毒的传播，并且对一些地区发动可怕的毒气攻击。
真理教选定了一些人口相对稠密的地方，确保自己人并不在其中，只不过由于担心病毒，所以很难有人口大量密集的地方，好在真理教囤积了大量的化学武器，沙林毒气之类都是成吨成吨的。这些化学武器攻击往往发生在日本政府还比较有效控制的地区，主要杀伤对象其实还是日本官方，以及自卫队。
倒是自卫队都配备了三防服，对于毒气的杀伤并不是很惧怕，但是普通人就相当麻烦了。在连续多日的沙林毒气袭击中，有超过一千人丧生，绝大部分都是平民。
细川护熙又赶忙发表声明，谴责真理教的邪恶行径，并第一次张口向世界各国请求援助，需要一切有必要的手段帮助日本解决埃博拉疫情危机以及******的奥姆真理教。
而麻原彰晃也不甘示弱，他宣称：“旧世界沉破的秩序已经走到了尽头，宇宙的规则我已看清，一切将要重新开始，末日天启已经来临，认不清形式的愚者，只有被彻底毁灭一条路，只有认同了我，认同了宇宙至高的真理，才能在末日中得到解脱，并生于全新而更美好的世界！”
他的观点自然被正常人嗤之以鼻，但是很多对奥姆真理教中毒已深的信众，对此却是深信不疑，更多奥姆真理教教徒觉得那些不信他们的人，都是注定被消灭的东西，而他们对这些人的杀戮，将会是对邪恶存在的解脱，更是促进新世界的来临，早日结束末日的方式。
日本也愈加混乱了。
期间，日本政府也俘获过一些真理教的人士，也确实发现了他们对埃博拉病毒是免疫的。兴奋万分的日本医学界人士想要用当初中国逆向开发狂人病毒疫苗的方式开发出埃博拉病毒的疫苗，可是十分奇怪，从这些免疫病毒的人身体里提取的血清，却没法制造出任何疫苗。
而这种现象又更加助涨了奥姆真理教宣传一切跟医学无关，而是信仰才能让末日中的人们得救。这更是忽悠了一批害怕死于病毒的日本人投入到了奥姆真理教的怀抱中，短短几个月的时间，到1994年初，奥姆真理教的规模已经发展到了超过一百万人。
而同时，日本因病毒、战争死亡的人口也超过了10万。