双方的文职官员发言后，也刚气氛缓和了不少。双方也都同意，先协商成立联合指挥部的事情，毕竟只有联合指挥部成立以后，才好俱体讨论战术问题，这次协商也不是开军事会议，否则刚才将军们谈得唾沫乱飞，两位文官却插不上话去。
日本提出的方案是：联合指挥部将以日本为主，华东政府可以派一名高级军官参与，下设的参谋人员按照双方投入的兵力比例分配，如果是各自的军队单独执行作战任务，具体的战术由各自的军队自行制定，如果是双方联合行动，则应以日方为主制定战术，华东政府的人员也可以参与建议，但最后的决定权还是在日方。
然后日方又进一步解释，由于战争的关系重大，应当有当权决断的人来主导，而日本投入的兵力要远多于华东政府，自然应该成为主导的一方，这也是为了顺利的击败俄国。不过说穿了日本还是希望在未来真的成立了联合指挥部时，取得主导权。
这个方案当然不能被华东政府接受，因此华东政府一面反驳，一面也提出了自己的方案，战争需要当权决断是不假，但也需要集思广议，不然成立参谋总部就没有意义了？华东政府只能出一名军官，显然是不合适的；而且以投入的兵力比例分配参谋人员更是不妥，不能体现双方公平合作的原则，华东政府投入的军队是逐次增加的，岂不是人员随时都会变化，如果华东政府最终投入的军队超过了日本，那么是不是应该由华东政府来主导呢？另外后勤部队又算不算在军队数量里，投入的民役人员又该怎么算？
华东政府的方案是首先承认日本首先投入的兵力人力物力，确实在华东政府之上，因此同意由日本方面出任联合指挥部的最高指挥官员，但双方的人员必须对等，其实指挥部的核心也没几个人，5、6个就够了，而下设的参谋人员可以按4:6的比例分配；而战争的计划决策也应由双方共同协商来确定，这样即能体现日本的主导地位，又照应双方的公平合作原则。
应该说华东政府的方案更为公正一些，但这样一来日本就不可能主导联合指挥部了，因此儿玉源太郎、山本权兵卫都立刻反对。而华东政府自然是据理力争，双方立刻又争执了起来。
见双方又要谈僵了，小村寿太郎和李三杰赶忙又打圆场，认为今天只是双方互相表明自己的态度，具体的方案可以改天再谈，干脆就把双方组成联合管理占领区的方案也都互相通报。
日本的方案和联合指挥部差不多，都是管理层由日本主导，华东政府还是派一个人参与，但只有建议权，决策权仍归日方，而基层的管理者由双方共同负责。简单说日本还是不想放弃主导权，又希望借助华东政府的力量维持好地方秩序。
而华东政府的方案是管理层由双方共同负责，可以由日方为主，但决策必须由双方共同商议决定，而基层的管理者最好是由华东政府来负责，毕竟基层管理者是直接面对民众，华东政府的工作人员在语言、文化、风俗习惯都和民众相通，自然方便管理，而日方的人员显然没有这方面的条件。
不过日方显然不能接受这个建议，因为这不是等于把日本给架空了吗？日本好不容易打下来的地方，岂不是就全交给华东政府了。
李三杰见气氛又紧张起来，于是立刻建议，暂时休会，双方也都对各自的方案再研究研究，改天再接着协商。小村寿太郎一听，也马上就答应了下来。于是这次协商就这样结束。
协商的内容立刻传到了东京，伊藤博文、山县有朋、桂太郎等人看完了之后，也马上展开了讨论，众人首先都一致认为，华东政府的条件虽然开得高，但并不是在漫天要价，基本都在合理的基础上为自己争取利益的范围，毕竞这也是无可厚非的，而且这也说明华东政府确实是有合作的诚意。如果华东政府胡乱的一味开高价，或者是对日本提出的方案全盘接收，反到有问题了。因此日本到是可以放心一些。
至于双方的合作方案怎么谈，伊藤博文只提了一个问题，即日本需不需要华东政府的军事帮助，只靠日本能不能独立战胜俄国，如果可以，则可以对华东政府寸步不让，如果不行，则赶紧在一些地方让步，早日谈成，敦促华东政府尽快出兵，如果还需要观望，则最好有一个时间节点，以免我们在不利的局面下和华东政府再协商，这样损失更大，要求陆军部、海军部客观的回答这个问题，并且给了陆军部、海军部一天的讨论时间。
而就在这时，战场上的意外事件，改变了这次协商的走向。
4月11日下午五点，联合舰队再次从仁川港出发，执行秋山真之制定的在第三次闭塞作战之前，诱敌计划。
4月12日夜间10点，联合舰队首先派出第4驱逐舰队带两艘布雷舰在旅顺港外布施*。4月13日凌晨4点，日本舰队布下了44颗*，但在撤退的时候，被俄国的巡逻舰队发现，双方在旅顺港外展开了战斗。
在激战中俄舰斯特拉希涅号被日舰的鱼舰击中沉没，太平洋舰队的巡洋舰巴扬号、狄安娜号又出港接应，遭遇联合舰队第3战队的4防护巡洋舰、第2战队的2艘装甲巡洋舰，双方开始相互炮击，紧接着巡洋舰阿斯科利德号、诺维克号又出港增援。
4月13日早上7点15分，马卡洛夫坐镇旗舰彼得巴甫洛夫斯克号，战列舰波尔塔瓦号、胜利号出港迎战日舰，而看到俄军的战列舰出动，深知不是对手的日本巡洋舰很快掉头逃逸，马卡洛夫下令追击，但俄舰队追了没多远，发现远远的海面上又出现了日本第1战队的6艘战列舰，马卡洛夫明白日本是打算将自己诱出岸炮的射程再交战，而马卡洛夫也想将联合舰队诱入岸炮射程，于是下令舰队返航。
不过在联合舰队旗舰三笠号上，东乡平八郎、秋山真之发现彼得罗巴甫洛夫斯克号的航向正是敷设的*阵方位，因此东乡平八郎下令舰队停止前进，观望俄舰。
上午9点45分，在老虎尾灯塔东方约2海里处，彼得罗巴甫洛夫斯克号撞上了*，舰首首先触雷，随着巨大的爆炸声，舰首升起了一大团黑烟，而爆炸又引爆了吃水线下的*仓库，接着引爆了舰首12英寸炮弹库，最后气缸爆炸，甲板上几乎所有的东西都飞上了天，前主炮甚至飞到了数百米的高空。等浓烟退去之后，彼得罗巴甫洛夫斯克号己有大半沉入水中，只有舰尾还翘在水上，螺旋桨兀自在旋转着，两分钟后，整艘军舰完全沉入海中。
虽然这时日本舰队只是远远的看见一团黑烟升起，随后烟火渐消，俄国舰队的首舰己不见了，各舰顿时爆发出欢呼声，就连东乡平八郎也露出了一丝笑容，不管怎么说，算是击沉了一艘敌方的战列舰，这可是开战以来联合舰队最大的战果。于是下令舰队转航回去。
而彼得罗巴甫洛夫斯克号沉没以后，俄国其他各舰上都紧急放下救生艇，去抢救幸存者，彼得罗巴甫洛夫斯克号上共有773人，包括舰长亚麻列夫上校在内，总共只有129人被救起，但其中并没有马卡洛夫，只是找到了马卡洛夫的一件外套。
但俄国的霉运还没有结束，10点10分，胜利号又触雷了，右舷舰首附近被炸开了一个口子，好在是引擎和舵机并未受损，因此还能保持行动。而其他的俄舰也都成了惊弓之鸟，赶忙都逃回到内港里躲起来。
日本是在当天下午5点的时候得到了确切的消息，知道马卡洛夫中将阵亡，而整个联合舰队上下都欣喜若狂，尽管马卡洛夫只上任了36天，但给太平洋舰队带来了耳目一新的改观，也给联合舰队带来了巨大的压力，现在马卡洛夫竟然这样阵亡了，不少人都认为日本是得到了上天的庇佑。第二天立刻以海军大胜，击沉敌旗舰的报导公布于众。
而马卡洛夫的阵亡，也让日本海陆军的压力大减，一致认为在这个时候还不需要华东政府的军事力量，不过这个时候海陆军的首脑也还都保持着清醒的头脑，知道这个胜利实在是太偶然了，并不表示日本就己经胜券在握，马卡洛夫的阵亡对俄国的影响到底有多大还不得而知，因此现在还不能完全拒绝华东政府的军事帮助。
于是在接下来的协商中，日本也有意采取强硬的态度，拒绝在合作方案上让步，使得协商进入了僵局，而小村寿太郎顺势提议，这一次协商不如就到这一步，双方可以回去以后慢慢的考虑各自的方案，而且华东政府也不妨加强准备，预计在6月份时再进行下一轮的协商，因为到了6月份，华东政府的登陆作战也应该差不多准备好了，这个时候再协商，也更好一些。
华东政府的代表团也接受了小村寿太郎的提议，于5月15日返回青岛，当然日本的礼数还是相当周到的，举行了隆重的欢送仪式，并且还派两艘军舰随行一直护送出50多公里。