朱载坖在南北两直隶同时开展清丈田亩，还是震慑了不少人，没想到朱载坖上来就这么大的手笔，对准大明的两大顽疾动手，宗禄和钱粮问题一直是大明的顽疾，朱载坖当然知道自己现在的各种举动会使得很多人不满。
当务之急就是要安抚一下勋臣和宗室，朱载坖召见英国公等一众勋臣，第一是保障勋臣们赐予的田地仍然是要保留的，主要是清退投献和侵占的民田，同时朱载坖也给勋臣们增加了部分岁禄，允诺在勋臣出镇地方上会更加频繁，安抚勋臣们。
同时就是从自己的内承运库中拨出三十万两，散给各处的贫宗，也承诺会在未来的一段时间内从内承运库拨出钱粮扶持放弃爵位的将军、中尉们。
当然，朱载坖也不是一味的妥协，朱载坖在隆庆二年三月下旨，升提督蓟辽等处军务事总兵官戚继光为中军都督府左都督，太子太保，加练兵总理大臣，朱载坖宣布重建亲军上直二十六卫。
这次亲军诸卫除了从京卫的军余子弟中选取之外，朱载坖还遣锦衣校尉和御史赴九边招募为国战死的士卒遗孤，即便是身高、体力稍有不及者，也可以选取，一旦选取的遗孤，就发给五两银子的行装银，先期重建府军前卫、羽林左卫、金吾左卫、虎贲前卫四卫二万四千人。
不同于之前的募兵或者卫所军士，这次重建的亲军诸卫会采用戚继光的练兵方式，同时军饷也大为提高，朱载坖将亲军诸卫的军饷分为折色军饷和实物供给两部分，折色每月一两，是士卒们的军饷，而实物供给有米面粮油和各种副食品构成。
之前朱载坖命令在天津组织沿海卫所捕鱼，利用长芦盐场的盐腌制咸鱼，现在已经颇有成效了，朱载坖令戚继光制定详细的士卒每日所需的各种食物，定量之后以实物方式由京通仓供给士卒使用，同时以大量的咸鱼补充士卒的肉食。
武装两万多士卒，需要大量的武器装备，朱载坖决定再次扩建遵化铁厂，招募工匠，扩建炼铁炉、炼焦炉，李芳和陈矩两人都是非常勤勉的太监，他们管理天津诸厂和尊化铁厂，提升了工匠待遇，现在各厂的效率都远远好过工部、兵部的各厂。
这次重新组建亲军诸卫，朱载坖命令内府各厂为亲军诸卫打造军器甲胄等，用于装备重建的亲军诸卫。
同时朱载坖除了在那就两直隶清丈田亩之外，朱载坖还经徐阶、李春芳的推荐，以原御史赵锦为都察院右佥都御史，率领御史巡按晋、豫两省，查看清丈田亩情况，尤其是北方士绅和王府庄田，都在赵锦等人的监察之下。
同时随着苏松两府的清丈完成，朱载坖应张居正和胡宗宪的奏请，将清丈田亩、清退投献和赋役新政推广到浙直两省。
浙直总督兼提督海关衙门事务大臣胡宗宪也向朱载坖奏称，月港海关已经建成，可以投入使用，朱载坖予以准允正式开关，同时朱载坖还向东南文武和戚继光下旨询问精通水战的将领。
胡宗宪、戚继光、俞大猷联名举荐张元勋，他自幼习武，体魄健壮。15岁中秀才。16岁时，倭寇侵犯台州，父张恺散资聚众，力战阵亡，元勋因此立誓杀万贼以报父仇。17岁袭世职海门卫新河所百户，从谭纶、戚继光征倭，转战浙江，升把总。
戚继光认为他擅长水战，精通水师，是不可多得的水师将领，朱载坖随即任命张元勋为福建水师总兵，将福建全省水师都由他一人统一指挥，同时从内承运库拨银十万两，发南京作为造船经费，补充福建和浙直等处的水师战场。
朱载坖给俞大猷和张元勋的命令就是不仅要守护近海，官军水师还巡守大洋，未来远出捣穴，扫清海盗和倭寇，打击走私，对于走私，朱载坖肯定是要严厉打击的，朱载坖亲自下旨，沿海诸将都要严厉打击走私，发现走私，人即正法，货即没官，将缴获走私货物的一半都赏赐给水师官兵。
同时朱载坖还交代李芳，在今年王直到天津时，和他商量两件事情，一是扩大贸易规模，增加倭国银子和铜料的输入，其次就是希望王直提供东南沿海私港、海盗巢穴的位置、海图，以便官军剿灭曾一本。
王直专注于和朝廷做生意之后，南方海盗的主力就变成了曾一本，这位主要活动在南洋，原在吴平手下, 吴平败走后，曾一本开始在潮州、雷州及琼州等多地活动。是个屡降屡叛的老贼，之前汤克宽也曾经招安过他，但是他不到半年就再次反叛，抓走澄海知县，并焚杀潮郡百姓。此后，曾一本开始进入广州、东莞等地活动。
这次朝廷开海，曾一本肯定要借机生事，朱载坖也严令东南诸将，要从严剿除曾一本，打出官军的威严来，对于这些海盗，官军要主动出击，相机进剿。
朱载坖的各项新政渐次展开，都收到了一些效果，但是作为内阁首辅的徐阶反而忧心忡忡，他多次和李春芳、高拱等人表达了自己的忧虑，徐阶认为朱载坖的新政政策过于激进，虽然在东南和直隶，朱载坖以铁腕镇压了士绅和豪强们，但是他们绝对不会甘于放弃自己的特权和经济利益，毕竟断人财路如同杀人父母，他们不能就此罢休的。
而眼下这种平静显然是不合理的，虽然现在朱载坖的地位十分稳固，但是这些反对新政的势力一言不发，是极为不合理的。徐阶是经历过嘉靖朝的风浪的，当年嘉靖和张璁推行新政，面对的是满朝非议，现在就算是朱载坖有大批效忠于自己的军队，但是他就就此不抵制新政，徐阶是绝不相信的。
徐阶担心的是他们借一变故突然向朱载坖发难，这样的话就麻烦了。