朱载坖还要求对于在大计中发现的各种贪墨、不法等事，要立即移送法司，从严惩处。
朱载坖还催促吏部和都察院，加紧制定有关大计的各种考核条例，加以执行。而从南京赶回京师的张居正，也入阁办事了。
朱载坖第一时间召见了高拱和张居正，两位辅臣行礼之后，朱载坖说道：“张师傅督师南京，劳苦功高，此番回京，还有借重于张师傅啊！”
张居正连忙辞谢，高拱说道：“陛下，臣和张阁老商量之后，有些事情还是想要和陛下说说。”
朱载坖请高拱直言，高拱希望朱载坖将张居正在东南的清丈田亩和赋役新政，在全国范围内推行。
对于清丈田亩，朱载坖自然是赞同的，但是对于张居正的赋役新法，朱载坖还心有疑虑。朱载坖说道：“清丈田亩，理应在大明推行，这赋役新法，实在是干系甚至，尤其是干系到百姓之生计，不可不慎啊。”
朱载坖对于赋役新法，最担心的事情就是其中大量的折色，因为大明现在的物价是很不稳定的，士绅们和地方豪强可以轻易的操弄物价，一旦大面积折色，会使得百姓们遭受第二次盘剥，这是朱载坖所不愿意看到的。
故而对于张居正的赋役新法，朱载坖一直都很慎重，朱载坖很清楚，朝廷固然是缺钱，但是对于朝廷来说，更加重要的是维护地方的稳定，一旦实行大规模的折色，富商豪强，在收获之时操弄物价，甚至和官府勾结，最终受苦的还是百姓。
朱载坖也向两位辅臣表达了自己的担忧，大规模的折色对于江南等地来说，还可以接受，毕竟江南经济发达，百姓相对富庶，还能够承受这些折色可能带来的实际赋税增加，而对于北方，尤其是西北省份，当地百姓本就贫穷，朝廷要是再一味折色的话，这些百姓恐怕很难承受的起。
而且一味折色，对于朝廷的应变能力也有极大的影响，一味的征收折色，会导致朝廷的各级仓储不足，应对天灾人祸和军粮的储备都会下降，这点是朱载坖最为担心的事情。
面对朱载坖的担心，张居正也给出了自己的解决办法，就是由朝廷在秋收的时候直接出钱从百姓手中收购粮食，稳定粮价，同时规定一个最低的粮价，避免出现谷贱伤农的情况。
张居正所言的办法，确实是一个解决问题的办法，但是并非是治本之策，朱载坖很清楚，即便是朝廷出钱去收购百姓手中的粮食，并且制定一个最低粮价，真正执行到地方，受益的是否是百姓，尚未可知。
但是另一方面，朝廷现在银两的开支也是越来越大了，不管是官员俸禄、工程营造、士卒军饷，都需要大量的银子，折色显然是必由之路，这才是朱载坖最为难的地方。
其实朱载坖很清楚，对于百姓来说，可怕的不是朝廷的正税，就大明规定的田赋和徭役折银的正税来说，其实并不算多，可怕的是地方衙门的火耗等附加税，虽然朱载坖已经下令实施火耗归公和统一火耗标准等政令，但是以大明之大，不怕死的官员还是有的，朱载坖相信，始终是有人在违背朝廷政令，擅自加耗的。
如果要征收折色，朱载坖思考的是，能否将火耗去掉。其实能够去掉火耗的办法也很简单，就是使用标准铸币，但是现在大明的银、铜都不够，朝廷每年的铸币不过三五十万贯，远远不足民间使用，而银币的铸造难度又很大，朱载坖虽然下令天津宝源局想办法铸造银币，但是效果都不是很好，主要就是防止盗刮银币的措施始终无法解决。
尽管朱载坖知道银币滚边可以防止盗刮银币，但是在现在的技术条件下，要实现这个工艺，难度是极大的。
朱载坖在和高拱、张居正再三商量之后，决定在全国推行清丈田亩，将清丈田亩纳入官员考成。
而对于赋役新法，则是谨慎的多了，在南方，由浙直向江西、湖广、福建、广东、四川推行，但是和在浙直一样，并非是赋役全部折银，而是正税仍旧征收本色，将徭役予以折银，同时将张居正的一应保险之法在各地推行，在粮食收获时节，规定最低粮价，防止谷贱伤农。
而在北方，朱载坖推行赋役新法就更加的谨慎了，朱载坖只同意现在直隶推行，和在南方一样，同时还要建立起各级仓储救灾机制，重视荒政，加大朝廷对于救灾的重视程度，由户部、内承运库、地方藩库三方出银，丰收时在民间直接收储粮食，用于防备灾荒和临时接济军粮。
对于这些仓储，朱载坖是十分重视的，要求地方州县官府、按察使、巡按御史、户部都要加强对这些仓库的巡视，朱载坖还会随机派遣官员予以检查，首先在整个北方，河南、山西、山西、直隶、甘肃等地推广起来。
至于什么时候能够完整推行赋役折银，朱载坖认为只要当朝廷能够真正掌握铸币权的时候才能够想此事，朱载坖对两位辅臣说道：“两位先生，朝廷的赋税，不取之于农，就取之于商，历来国库亏空，要么打老百姓的主意，要么打商人的主意。但是朕有一句话，历来造反的都是种田的人，没听说商人能闹翻了天。做什么事情，都要想到这点，为政便不难了。”
面对着自己的两位辅臣，朱载坖说道：“二位先生，这些盐商不法，朕可以派锦衣卫，派官军去将之抄家灭族，可是百姓活不下去造反作乱，朕又该怎么办？一府一县，朕也可以派遣官军加以讨平，倘若是一省，又或者是几省呢？朕该怎么办？也命令官军刀枪相向？朕有那么官军，朝廷给得起这么多粮饷吗？朝廷之为政，一定要让百姓活的下去，否则话，隋炀、商纣之祸，殷鉴不远矣！”