在又一次艰难战胜使徒后，大雄、哆啦A梦、胖虎和静香驾驶着EVA机体返回了NERV总部。
一路上，大家都沉浸在胜利的疲惫与对使徒不断变强的担忧之中。
回到总部，科研人员们如往常一样，迅速对蜘蛛使徒的残骸展开了细致的研究，而大雄他们则拖着疲惫的身躯走向休息区。
胖虎一屁股坐在长椅上，揉着自己酸痛的胳膊，抱怨道：“哎呀，这些使徒是越来越难对付了，每次都把我累得够呛。”
静香无奈地看了他一眼，说：“胖虎，你就别抱怨了，大家都很累呀。而且你也看到了，这次的使徒又出现了新的能力，真不知道以后还会遇到什么样的怪物。”
大雄坐在一旁，眼神有些迷茫，低声说：“我一直在想，为什么使徒会越来越强大，而且每次都有新的变化呢？还有它们身上那些奇怪的特征，比如上次那个章鱼使徒有类似人类基因的东西，这次这个蜘蛛使徒又能自我修复，这背后到底隐藏着什么秘密啊？”
哆啦A梦也皱着眉头，从四次元口袋里掏出几个能量补充小零食，分给大家，说：“我也不清楚，但我觉得这些问题肯定不简单。也许我们得找个机会和碇司令或者其他更了解这个世界秘密的人好好聊聊，说不定能得到一些线索呢。”
就在这时，绫波丽走了过来，她看着众人疲惫又有些忧虑的神情，轻声说：“你们这次表现得很不错，又成功击退了使徒。不过，我知道你们心里有很多疑问，关于使徒的，也关于这个世界的。如果你们愿意的话，可以等会儿来我的房间，我或许能和你们说一说我所知道的一些事情。”
大雄他们对视一眼，眼中都闪过一丝惊讶和期待，大雄连忙说：“好呀好呀，绫波丽姐姐，那我们等会儿就去找你。”
休息了一会儿后，四人便来到了绫波丽的房间。绫波丽的房间布置得很简洁，只有一些基本的生活用品和几本书。
众人坐下后，绫波丽看着他们，缓缓开口道：“其实，关于使徒，我们NERV也一直在研究，但很多事情至今仍然是谜团。就像你们发现的，使徒身上出现的类似人类基因的情况，以及它们不断变强和拥有各种奇怪能力的现象，都让人觉得它们和人类之间似乎有着某种深层次的联系。”
静香好奇地问：“绫波丽姐姐，那你觉得这种联系会是什么呢？难道说，使徒和人类是从同一个源头来的吗？”
绫波丽微微摇头，说：“这个目前还没有确凿的证据，但有一些理论认为，使徒和人类可能是在远古时期的某个事件中产生了分歧，从而走上了不同的发展道路。但这也只是猜测，真正的答案可能隐藏得更深。”
哆啦A梦思考了一下，说：“那关于使徒每次出现都变得更强，而且还有新能力的情况呢？这是不是意味着它们在某种程度上是在适应我们的攻击方式，然后不断进化呢？”
绫波丽点头说：“有这种可能。使徒似乎有着很强的适应性和进化能力，它们每次与EVA作战后，可能会根据战斗情况对自己进行调整和升级，所以我们才会觉得它们越来越难对付。”
胖虎听了，有些气愤地说：“哼，那它们也太狡猾了，每次都让我们这么费劲地去打败它们。”
大雄则一脸担忧地说：“那这样下去，我们以后还能打得过它们吗？要是有一天它们变得无比强大，我们该怎么办呢？”
绫波丽看着大雄，眼神中透露出一丝坚定，说：“我们不能失去信心，大雄。虽然使徒很强，但我们也在不断成长呀。你们几个从最初来到这个世界，到现在已经能够熟练驾驶EVA与使徒作战，这就是进步。而且，我们NERV也一直在研究使徒，寻找它们的弱点，开发更强大的武器和战术。”
听了绫波丽的话，众人的心情稍微好了一些，但心中的疑虑依然没有完全消除。
就在这时，房间里的通讯器突然响起，是碇司令的声音：“绫波丽，大雄他们在你那里吗？立刻带他们到会议室来，有重要事情要宣布。”
绫波丽应了一声，然后对众人说：“走吧，司令找我们，应该是有重要的事情。”
众人来到会议室，发现除了碇司令，加持良治等主要人员也都在场。会议室里的气氛有些凝重，大家都能感觉到似乎有什么重大的决定要做出。
碇司令看着众人，严肃地说：“经过对近期使徒出现情况的分析，以及考虑到你们几位驾驶员的成长，我们NERV决定对作战策略进行调整。从现在起，大雄、哆啦A梦、胖虎和静香，你们将组成一个专门的小队，与正式驾驶员们协同作战，共同应对使徒的威胁。这个小队将被赋予更多的自主权和责任，希望你们能够承担起这份重任。”
大雄他们听了，心中既惊讶又有些紧张，大雄问道：“司令，我们真的可以吗？我们虽然已经经历了几次战斗，但还是觉得自己还有很多不足呀。”
碇司令微微皱眉，说：“我相信你们有这个潜力。你们在之前的战斗中已经展现出了勇气、智慧和团队协作能力，这些都是非常宝贵的品质。而且，通过与你们一起作战，正式驾驶员们也能从你们身上学到一些新的东西。现在，这个世界面临着越来越严峻的形势，我们需要每一个能够战斗的力量。”
加持良治也在一旁笑着说：“是啊，你们几个小鬼可别小看自己哦，我可是很看好你们的呢。”
听了他们的话，大雄他们互相看了看，然后坚定地点了点头，齐声说：“是，司令！我们会努力的！”
会议结束后，大雄他们便开始为新的作战任务做准备。他们不仅要继续加强EVA驾驶技术的训练，还要与正式驾驶员们进行磨合，熟悉彼此的作战风格和习惯。
在训练场上，大雄、哆啦A梦、胖虎和静香遇到了真嗣、明日香和渚薰等正式驾驶员。
真嗣看着他们，微笑着说：“以后我们就是队友啦，希望我们能合作愉快哦。”
大雄也笑着回应道：“嗯，真嗣哥哥，我们会一起努力打败使徒的！”
明日香则双手抱胸，有些傲慢地说：“哼，你们几个可要跟上我们的节奏哦，别拖后腿呀。”
胖虎一听就不乐意了，大声说：“你说谁拖后腿呢？我们也很厉害的好不好！”
静香连忙拉住胖虎，说：“胖虎，别这样，大家都是队友嘛，要互相帮助的。”
哆啦A梦也在一旁笑着说：“是啊，我们一起加油，肯定能更好地应对使徒的。”
在接下来的日子里，他们一起进行了各种训练和模拟战斗。在这个过程中，虽然也有过一些小摩擦和不愉快，但大家都逐渐学会了理解和包容彼此，团队的默契也在不断提升。
然而，就在他们逐渐适应新的作战安排时，又一次警报声打破了总部的平静。
“警报！警报！发现使徒来袭，请驾驶员们立刻前往出击地点！”
大雄他们听到警报声，心中一紧，立刻放下手中的训练，朝着各自的EVA机体跑去。
这次出现的使徒位于城市的海边，当他们驾驶着EVA机体赶到时，看到了一个形似巨大鲸鱼的使徒。它在海面上游动着，每一次摆动尾巴都能掀起巨大的海浪，海浪朝着岸边席卷而来，对沿海的建筑造成了不小的破坏。
“哇，这个使徒好大呀，而且在海里，感觉不太好对付呢。”大雄通过通讯器说道。
哆啦A梦一边用探测器扫描着使徒的情况，一边说：“确实，它在海里行动自如，我们得小心它利用海水来攻击我们。大家先不要贸然行动，等观察清楚再决定怎么攻击。”
真嗣也说：“嗯，我们先保持距离，看看它有什么特点和弱点。”
于是，众人驾驶着EVA机体在海面上与鲸鱼使徒对峙着，仔细观察着它的一举一动。
过了一会儿，鲸鱼使徒似乎察觉到了他们的存在，突然张开巨大的嘴巴，从里面喷出一股巨大的水柱，水柱如同炮弹一般，朝着他们直射而来。
“大家小心！”静香惊恐地喊道。
众人急忙操控机体躲避，水柱击中了海面，激起了巨大的水花，水花溅到EVA机体上，让他们的视野暂时受到了影响。
“哎呀，这水柱好厉害，差点就击中我了！”胖虎惊叫道。
“我们得想办法靠近它，看看能不能找到它的弱点，光这样躲避也不是办法呀。”哆啦A梦说。
真嗣思考了一下，说：“我有个主意，我们分成两组，一组从海面上方吸引它的注意力，另一组从海底悄悄绕到它的背后，看看能不能找到它的弱点。”
“好主意，那我和胖虎、哆啦A梦从海面上方吸引它的注意力吧，真嗣、明日香和静香你们从海底绕到它背后去。”大雄说道。
“行，那你们小心点啊！”真嗣叮嘱道。
于是，大雄、胖虎和哆啦A梦操控着EVA机体朝着鲸鱼使徒正面飞去，一边飞行一边朝着它发射武器，试图引起它的注意。
鲸鱼使徒果然被吸引了过来，它将注意力都集中在了他们身上，不断地朝着他们发动攻击，除了喷水柱，还时不时地用巨大的尾巴拍打海面，掀起更多的海浪。
而真嗣、明日香和静香则趁机悄悄地潜入海底，朝着鲸鱼使徒的背后游去。
在海底，真嗣通过通讯器说：“这里视线不太好，大家要小心，别撞到海底的礁石什么的。”
明日香不耐烦地说：“知道啦，真嗣，你就别婆婆妈妈的了。”
静香则轻声说：“大家都小心点哦，希望我们能顺利找到它的弱点。”
当他们绕到鲸鱼使徒的背后时，真嗣突然发现，在使徒的尾巴根部，有一个闪烁着蓝光的部位，看起来似乎和其他地方不太一样。
“你们看，这里好像有点不一样，会不会是它的弱点所在呢？”真嗣通过通讯器说道。
明日香看了看，说：“有可能哦，我们试试攻击它看看。”
于是，三人调整好攻击角度，同时朝着鲸鱼使徒尾巴根部的蓝光部位发动了猛烈的攻击。
“轰！”的一声巨响，这次的攻击成功地击中了目标，鲸鱼使徒发出一声痛苦的吼声，庞大的身躯剧烈地颤抖起来，它的攻击也瞬间停止了。
“哈哈，我们成功了！继续攻击，把它彻底打败！”真嗣兴奋地喊道。
大雄、胖虎和哆啦A梦看到真嗣他们得手了，也立刻操控机体朝着鲸鱼使徒飞去，加入了攻击的行列。
在众人的合力攻击下，鲸鱼使徒的身体开始出现裂痕，光芒也越来越暗淡。
“再加把劲，它快不行了！”大雄喊道。
最终，在众人的猛烈攻击下，鲸鱼使徒轰然倒下，庞大的身躯砸在海面上，激起一片巨大的水花。
“又打赢了一场！”胖虎高兴地欢呼起来。
“是啊，不过这次也真是够惊险的。”静香松了一口气，说道。
哆啦A梦看着倒下的鲸鱼使徒，若有所思地说：“这次的使徒又有新的特点，它利用海水的攻击方式很厉害，我们得回去好好和科研人员说一说，让他们好好研究研究，也好为以后遇到类似的敌人做准备。”
“嗯，对，这样以后再遇到类似的敌人，我们也好有应对的办法。”大雄点头表示赞同。
众人操控着EVA机体返回NERV总部，这次战斗让他们又积累了宝贵的经验，但他们也清楚，在这充满危机的EVA世界里，未来还会有更多的挑战等待着他们。
回到总部后，科研人员们立刻对鲸鱼使徒的残骸进行了收集和研究，而大雄他们则继续投入到紧张的训练当中，为下一次可能到来的战斗做准备。
在这一次次的战斗与合作中，大雄他们不仅在战斗能力上不断成长，在团队协作和对这个世界的理解上也有了更深的感悟，然而，他们内心深处对于使徒背后的真相以及自身命运的疑惑，依然如影随形。