大明使团在马尼拉足足修整了二十天，等到员身体和精神状态基本恢复后，方以智、郑芝凤方才与张文耀等人告别，拔锚后向大明返航而去。
崇祯十四年十一月初九日，船队在北海舰队派出的几艘战舰的护卫下抵达天津卫码头，在离开大明五年后终于回到了故土。
踏上码头的那一刻，自恃心志坚定的方以智也不禁双眼湿润，而随后下船的使团成员中，有的人则是放声大哭，但更多人则是欢呼和雀跃着，表达着对回到故乡的那种激动的心情。
十天之后，回到京师的方以智和郑芝凤奉诏入宫觐见，陪同他们一起入宫的还有温体仁、孙传庭、陈奇瑜以及礼部尚书邹维琏、鸿胪寺卿李进番等相关人员。
虽然朱由检已明令废除了叩首礼，但首次觐见天颜的方以智和郑芝凤，依旧是坚持着行了三跪九拜的大礼。
尤其是方以智，以一介白身直接被擢为礼部侍郎衔出使欧洲，这种天大的恩遇可以说是自古罕见，尤其是在他自知名气并不大的情形下，骤然有此荣耀加身，这种等同于再造的知遇之恩，是他无论如何都会感激涕零的。
“方卿、郑卿且起！
卿二人在明知前路吉凶未卜，甚至随时极有可能葬身鱼腹之危时，依旧毅然奉命横跨数万里之大洋，率团出访极西之欧洲诸国，其心性之坚毅、勇于任事之担当，用心办差之能力，实为天下官员之楷模！
朕对二位卿家于此行之诸多表现极为满意！
还望二位卿家今后戒骄戒躁，始终保持此优良作风，将此风格贯穿始终，在本职中充分发扬光大，为建设一个崭新之大明做出更多贡献！
二位卿家对欧洲之行有何看法，现下可以大致讲说一番。
方卿，你便代表郑卿讲一讲吧！”
朱由检打量着方以智这位后世传颂的名人，心里头不禁暗叹“果然是盛名之下无虚士！”
对于此次欧洲之行的所见所闻，方以智都做了详细的笔录，对欧洲各国的风土人情及所看到的国情大政都有描述，并在其间添加了自己的思考和评论，可谓是十分用心之至。
这本多达十几万字的游记体的着作，朱由检已经在数日内浏览完毕，并且对现在欧洲各国的概况有了一个大致的了解和认识，这本笔记可以说是相当珍贵的资料，对于大明制订相关政策有着很好的借鉴作用。
这种极其认真敬业的态度，也是大明官场所需要的。
“微臣等愧不敢当！
若非圣君在位，臣与郑鸣山此生怕是绝无机会能有如此见识。
臣等只愿此行所获能有助于我皇明日后之发展。
他山之石可以攻玉。
此次欧洲之行，臣等认识到天下是如此之大，有诸多国家在某些方面之建设中，还是有许多值得借鉴的地方。
比如欧洲几个强国所建立之大学，其为人师者所教授之知识，俱是以日常实用为主，许多工具若是于我皇明大力推广，对于我国国力之提升还是有相当之裨益。
若非圣上如此开明睿智，臣等也是一直以为，我煌煌大明，乃是方位领先于天下，并且不管多少年月，也会始终保持此等优势。
但臣等在游历诸国之后，心里似有所感，要是照此境况发展下去，欧洲一些国家，诸如法国、普鲁士国等，很可能在不远之将来，在国力上超越我国。
臣观欧洲诸国行事，皆以强者为尊，举国上下皆以物质财富为尊无论你是如何获取财富，众人都是只讲结果，不计较过程。
此等行举，实与强盗无异，与我华夏之国千百年来倡导仁义礼智信截然不同！
臣观此后亦是心生隐忧。
若有朝一日，欧洲些许国家国力强盛，说不得便会觊觎我国之财富，若其凭强横之武力来犯我，最终结局如何实是难以预料！”
感受到朱由检对自己既欣赏又亲切的态度后，方以智心头的一丝拘谨与忐忑瞬间消失的无影无踪，于是他接着朱由检的话题，洋洋洒洒发表了长篇大论，昭仁殿中端坐的温体仁等人有的在凝神静思，有的则是流露出不以为然的神情。
“大善！”
方以智讲完之后，朱由检不禁拍手赞道。
如果说徐光启是大明睁眼看世界的第一人，那在这位名臣离世之后，经过此次欧洲之行的锻炼，方以智将会成为当世当之无愧的大明对外第一人。
朱由检获悉，方以智为了能够更好地与欧洲各国政要交流和接触，在这近五年的时间里，已经学会了法语与葡萄牙语，在平时能够较为熟练地用法语与笛卡尔交流，这种语言上的沟通也促使两人的关系得到迅速提升。
工欲善其事必先利其器。
方以智这种态度值得予以特别的夸赞。
“方卿上述言论甚合朕意！
方卿能于诸多细节中察端倪、识趋势，如此思想远超诸多世人！
卿以为，接下来我大明该采用何种举措加以应对？”
在稍微夸赞几句后，朱由检提出了自己的问题。
他现在非常期待方以智提出的解决方案能与自己高度契合，那样的话，自己的计划就会增添更强的主动力。
“启奏圣上，臣以为，我皇明若想不被赶超，那就当学其重视实用人才之培养方法。
臣建议设立专门学堂直至大学，从幼童少年中发掘并培育人才，教授其数学等相关知识，多多与欧洲相关方面进行合作交流，并将其定为长期之策，不因一时之成败而止步不前。
长此以往，我皇明焉有不强之理！”
方以智从容施礼后给出了自己的答案。
“甚好！
卿可愿意担此重任？”
方以智的回答让朱由检非常满意，这与他创立皇家理工学院的思路完一致。
“若能遂君王之志，臣愿用毕生投入于此！”
方以智躬身慨然道。
“好！
方卿可能不知，朕已创立皇家理工学院，其目的与卿别无二致！
既是卿愿意为国育才，那学院祭酒之位便是卿的！”
方以智、郑芝凤陛见数日之后，圣旨发出。
方以智以礼部尚书衔出任皇家理工学院祭酒。
鸿胪寺卿李进番调任礼部左侍郎一职，其职位由郑芝凤以礼部侍郎衔接任。
与此同时，鸿胪寺升格为正三品衙门，署衙所需人才以及职官升擢，由吏部及鸿胪寺堂官议定。
出访欧洲使团成员中病殁者入英烈祠祭祀，有亲属者领烧埋银五百两；使团官吏均升两级，担任使团护卫的锦衣校尉同例。
选派留学的孤儿都进入理工学院继续学习，照顾他们的护从部转为学院吏员，俸禄照其他衙门人员例发放。
方以智、郑芝凤的正妻均获五品宜人封赠，其余人等每人赏银一百两。
。